A "Substituição Tributária", (ST) consiste em deslocar a parcela do imposto que deveria ser paga pelo comércio, para a indústria, sendo fixada pela Fazenda a "Margem de  Valor Adicionado" (MVA) sobre a qual deverá ser recolhido o tributo pelo setor industrial. Como exceção, a ST era utilizada apenas em algumas situações específicas, como no caso de produtos homogêneos, com poucos produtores e rede de distribuição mais ou menos homogênea, assim como MVA relativamente uniforme. Do ponto de vista ideal, a ST deveria ser adotada nacionalmente. É evidente que, quando se generaliza a exceção, como ocorre atualmente em são Paulo,  são provocadas, na prática, mudanças importantes na sistemática do tributo, que afetam a própria natureza do imposto.  Em vez de incidir sobre o valor adicionado efetivo, resultante do resultado da venda, é cobrado pela indústria sobre um "valor arbitrado" pelo fisco.

 A ST, quando adotada por um único estado, cria dificuldades de competição para empresas atacadistas nas vendas interestaduais –  e mesmo nas vendas internas, quando varejistas compram de outros estados e não recolhem a diferença de imposto. Uma das maiores dificuldades da ST, quando aplicada a segmentos e produtos não uniformes, é a fixação da MVA. 

 Em uma economia de mercado em que existe concorrência, a MVA  é conhecida somente após a venda do produto, pois a competição pode forçar a venda por preço menor do que o desejado.  Um mesmo produto tem diferentes margens  em função das diferenças de canais de comercialização ou, ainda, a MVA pode variar em uma mesma empresa em função das flutuações do mercado ou da sazonalidade da demanda. 

Exemplo clássico é o comércio de confecções, cujos preços no começo de estação são muito superiores ao dos períodos de liquidação, como se pode constatar, no momento, visitando algum shopping center.

Mesmo que se admita que a Fazenda tenha procurado manter a "neutralidade" da tributação, ao fixar as MVA's dos diversos produtos e segmentos, não se pode desconhecer que, ao se calcular pela  média – simples ou ponderada – a margem de qualquer setor, ela terá impacto negativo para aqueles que estavam abaixo da média, embora possa beneficiar os que estavam acima.

Assim, a "neutralidade" em relação ao todo não significa, necessariamente, que a ST seja neutra para todos os contribuintes. A única forma de evitar o aumento de tributação para todos seria a fixação de MVA's abaixo da média, procurando ganhar na ampliação da base tributável.

Atribuir todo o aumento de arrecadação do ICM sobre o comércio à eliminação da sonegação parece não corresponder à realidade, porque parte importante do mesmo resultou da tributação do ICMS sobre o estoque, embora não ocorra "circulação" – a qual, mesmo parcelada, pressionou o capital de giro das empresas em um período crítico em que o crédito estava difícil e caro, e as vendas em queda.

Ignorar que a mudança na sistemática de tributação, como a imposta pela ST, traria problemas para muitos setores e empresas, e considerar que todas as críticas ou reclamações são apenas manifestações de "sonegadores", constitui generalização ofensiva aos contribuintes corretos , que reclamaram por  se sentiram prejudicados; é injusta com as entidades de classe que têm procurado apoiar as reivindicações que considerem justificadas de seus associados; não contribui para a harmonia que deve existir nas relações  entre fisco e contribuintes e, por fim, não conduz à solução dos problemas.

O diálogo é o melhor caminho, mas só pode ser produtivo se a visão maniqueísta que tem prevalecido contra os contribuintes for modificada, e se entender que é natural  surgirem distorções quando se fazem mudanças profundas. É  do interesse tanto do estado, como dos contribuintes, encontrar soluções que assegurem condições para o crescimento das empresas e da economia.